Ubongo 3D erweitert das Legespiel um eine Dimension. Das Spiel bietet zwei Schwierigkeitsgrade an, die einfachere Variante nutzt drei Spielsteine, die schwierigere verwendet vier Steine. Die Legetafeln werden nach den Tiersymbolen sortiert, man nimmt pro Spieler eine Tafel pro Symbol und stapelt sie aufeinander. Man einigt sich auf den Schwierigkeitsgrad und zieht jeweils eine Legetafel, so dass in jeder Runde die Spieler eine Tafel mit dem gleichen Tiersymbol haben. Dann wird die Aufgabe ausgewürfelt. Jeder Spieler nimmt sich die dieser Aufgabe zugeordneten Bauteile und belegt damit möglichst schnell die Fläche auf seiner Tafel so, dass ein zweistöckiges geschlossenes Gebilde in Form der Grundfläche entsteht. Es darf keine Lücken geben und nichts darf über den Rand hinausragen.
Wer als Erster fertig wird und Ubongo ruft ,bekommt einen Saphir und einen Stein aus dem Beutel, der Zweite bekommt einen Bernstein und einen Stein aus dem Beutel; sollten die restlichen Spieler auch in der Laufzeit der Sanduhr fertig werden, bekommen sie einen Stein aus dem Beutel. Wird niemand innerhalb der Laufzeit fertig, wird die Sanduhr nochmals umgedreht, nun gibt es aber nur mehr Steine aus dem Beutel. In diesem Fall und auch wenn nur ein Spieler fertig wird, muss die Auslage der Saphire und Bernsteine korrigiert werden. Nach 9 Runden gewinnt der Spieler mit dem höchsten Wert an Edelsteinen, Rubine sind je 4 Punkte wert, Saphire 3, Smaragde 2 und Bernstein je 1 Punkt.
Fast noch anspruchsvoller als die anderen Varianten, auf jeden Fall eine attraktive Erweiterung der Ubongo-Familie.
